A企业是货物运输代理企业，自身没有营运能力，其营利模式为：首先从客户收取款项，再和有运输能力的B企业洽谈并委托其运输。从客户收取的费用减去支付给B运输企业的运费就是A企业获得的毛利。在发票使用上，A企业从B企业取得税率为11%的货物运输业增值税专用发票并认证抵扣，但是向客户收款时开具的品名为代理服务，税率为6%，因此产生了增值税销项税额小于进项税额的问题，导致长期增值税税负为零且存在大额留抵税额。面对税务检查人员的质疑，A企业的解释是：自己向客户提供的是货运代理服务，取得的收入属于代理服务费，之所以出现销项税额与进项税额倒挂，是因为税率存在差异，与A企业无关。

　　有一种反对意见认为：货代企业没有向客户提供运输服务，因此不能开具货运专票。这个理由是不成立的。货代企业与客户签订的合同中已经承担了为客户将指定货物运输到指定地点的义务，这一义务的履行即是向客户提供运输服务的过程，至于货代企业采取何种方式，是自己履行还是交由他人履行这一义务则在所不问。本案中A企业采取委托运输企业承运的方式履行了对客户的义务，因此也属于提供了运输服务。但是，目前的发票管理制度中，如果货代企业没有运输业资质，不能使用货物运输业增值税专用发票，因此本案中的进项税额与销项税额倒挂的原因是发票管理制度存在不合理限制导致发生行纪行为的纳税人无法合理开票。这一困境不只存在于货运代理行业，其他提供行纪服务的企业，例如代收商户水电费的企业，也存在这个问题。解决这个问题需要打破现有的发票票种和开具范围限制的藩篱，允许企业自开或到税务机关代开。