税款流失仍是当前和今后相当长一段时间，税收征管最主要的风险，我们还没有足够的能力去估价流失的程度，并找到迅速解决这一问题的方法。
因税源监控能力不足而造成的税款流失，重点在数量很多而规模相对较小的小企业和个体工商业户，大中型国有企业、股份制企业次之。
偷、逃、骗税的大案要案时有发生，行政处罚力度不够，移送司法机关追究刑事责任困难重重，对犯罪行为的震慑与打击力度明显不足。

基层征管机构的设置过于分散，尤其是科级以下的分局和税务所数量过于庞大，制约权力、降低成本以及信息化的装备都难以实现。
在社会综合管理机制不完善的情况下，税务机关与有关经济管理部门之间以信息共享为主要内容的工作配合难以实现，严重影响税务机关监控税源的能力。
信息系统缺乏统一规划.特别是征管软件不统一已无法支持网络化的应用，数据质量和系统安全的隐患都有可能引发系统瘫痪的灾难性事故。

队伍整体素质不高，尤其是缺乏综合型管理人才与高级专业人才，由此而引发了高层决策能力和宏观管理水平难以提高。
杜绝行政执法的随意性，防范由此而引发的税务人员违法腐败行为，仍缺乏与税收征管工作有机结合的治本措施。